截至2017年底，栖霞区境内有南京港新生圩港区（即新生圩港）、南京港龙潭港区（即龙潭港）、南京港栖霞港区和南京港马渡港区四个港区。

　　南京港是亚洲最大内河港口，是中国沿海的主枢纽港和对外开放一类口岸，也是长江流域水陆联运和江海中转的枢纽港，处于铁路、公路、管道、航空和水运的交会点，是长三角唯一实现集装箱铁路与水路无缝对接的港口，已成为中国华东地区及长江流域江海换装、水陆中转、货物集散和对外开放的多功能江海型港口，也是中国连结全球的江海转运综合枢纽。